Debido a la falta de desarrollo en competencias de liderazgo de equipos directivos de colegios con bajos resultados de aprendizaje y en contextos de pobreza, Belén Educa creó en 2018 la “Escuela de líderes”, centro de capacitación que busca desarrollar competencias para el alto desempeño en  líderes escolares que trabajan en sectores de pobreza,  a través de una formación teórica y práctica, con acompañamiento en contexto. Desplegando un liderazgo eficaz, con foco en los  aprendizajes de los  estudiantes, con altas  expectativas, mediante el trabajo  colaborativo, e inspirados por una visión católica del ser humano.

En primera instancia la Escuela de líderes ha capacitado a los líderes pedagógicos de la Fundación, siendo a largo plazo el objetivo ampliarlo a colegios en todo el país.

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